大自然是一个优胜劣汰的过程，如果胚胎在发育的过程中，因遗传、感染、药物等原因导致染色体出现异常时，则有可能会在孕早期时出现流产，这个时候发生流产的胚胎，多为孕囊或已经退化的胚胎 。
孕妈妈有内分泌疾病
孕妈妈如果在怀孕过程中，出现甲状腺功能异常、严重糖尿病未控制等内分泌异常的情况时，也可导致流产的发生。因此，有计划怀孕的女性，在怀孕前最好能先做一个健康体检，筛查一下是否存在有糖尿病、甲状腺功能异常等内分泌疾病，一旦发现有这些内分泌疾病时，最好先去治疗，待病情缓解，征得内分泌科及妇产科医生后，再准备怀孕。
生殖器官异常
先天性子宫畸形是由于胚胎发育过程中副中肾管发育不良或者发育停滞，导致融合和退化异常的一种女性生殖系统常见疾病，常见的子宫畸形包括有纵膈子宫、双子宫、单角子宫等。子宫是孕育宝宝的一个场所，如果子宫发育和结构出现异常，那么这个孕育新生命的场所就可因子宫肌肉发育不良、血液供应不畅、宫颈容积变小、宫颈机能不全等问题而使得妊娠变得更加困难，或者即使成功受孕了，也可因子宫畸形而使得习惯性流产、妊娠过程延长或分娩方式改变等的风险增加。
免疫机制异常
对母体来说，胚胎是一种半同种异体移植，母体对胚胎的免疫耐受，是胚胎在母体内得以生存的基础。但有一些女性在怀孕后，由于免疫功能出现异常，母体免疫系统在识别了携带父系抗原的胚胎后，马上启动免疫系统“清扫”这个“异体”，于是便出现了自然流产。另外，母胎血型抗原不合，抗精子抗体存在等，均是引起流产的危险因素。
